劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國
日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。
此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內裡的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自
深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自
深入敵境的消息——。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會——！？
